Il pane, così come la maggior parte degli alimenti, rappresenta per sua natura un ottimo terreno colturale per la contaminazione, la crescita, lo sviluppo e la proliferazione della maggior parte dei microrganismi siano essi batteri, muffe, lieviti ecc. che sopravvivono alle condizioni termiche di cottura oppure che contaminano il prodotto nella fase post-cottura di conservazione.

(Fig. 1 ). Il pane non è pertanto esente dal discorso delle contaminazioni endogene ed esogene anche se il processo termico relativo alla cottura del prodotto (180 – 260°C in base al tipo di prodotto) uccide la maggior parte dei microrganismi. In termini assoluti, questi valori di temperatura potrebbero rappresentare una valida garanzia microbiologica per la maggior parte dei microrganismi ma…non per tutti a tal punto che risultano escluse alcune forme sporigene di batteri aerobi e/o anaerobi, di sostanze tossiche come micotossine, tossine stafilococciche ecc. prodotte prima della cottura. Il trattamento termico quindi non è tale da garantire la “sicurezza” microbiologica in quanto se la superficie del prodotto tende a raggiungere asintoticamente la temperatura del forno (generalmente le temperature di infornamento non sono mai inferiori ai 220°C) garantendo una quasi totale certezza di distruzione microbica, la stessa cosa non si può dire per le temperature che si raggiungono a “cuore” del prodotto ossia nel cosiddetto punto “termicamente sfavorevole”, nel quale si raggiungono temperature relativamente basse (massimo 104°C nei grandi lievitati) e non tali da poter dare alcuna certezza in proposito.
Vi è dunque la reale possibilità per alcuni batteri sporigeni, se presenti in concentrazione abbastanza elevata nel prodotto prima della cottura, di sopravvivere e portare ad alterazioni anche gravi del prodotto finito; a questa evenienza si aggiunga il rischio di contaminazione con spore di miceti, batteri ecc. Il rischio diventa certezza assoluta se le condizioni ambientali di umidità e temperatura oltre a quelle igieniche, soprattutto quelle relative alle materie prime utilizzate ed al loro stoccaggio, non sono adeguate oppure se il pane ed i prodotti da forno appena sfornati, vengono avvolti con film plastici non microforati ed impermeabili al vapore acqueo o ancora peggio se lo standard igienico qualitativo risulta basso o scadente. Tra le forme sporigene che sopravvivono al trattamento termico e che potrebbero dare origine ad una grave intossicazione alimentare nonché malattia del pane, si ricordano quelle del Bacillus subtilis, del Bacillus cereus e del Bacillus mesentericus agente